El Imperio Sagrado había gobernado la Galaxia por 270 años y 13 generaciones, pero su destrucción causo confusión entre los planetas de la Galaxia quienes se empezaron a atacar para obtener el poder, esta es la historia de un joven que luchaba en aquellas batallas, su nombre es Rayruga mejor conocido como Thunder Jet.
Thunder Jet es habitante del planeta Goyo, cuyo gobernante ya ha conquistado todos los planetas de la parte Norte de la Galaxia, faltándole únicamente el planeta Sakura, así que una flota ataca el planeta Sakura logrando llegar hasta el palacio del Rey del planeta Shuzen.
Shuzen ve imposibilitado como es derrotado y pide a su hija Simón que huya, ya que ella es descendiente del Sagrado Imperio y seria capturada y usada para reconstruirlo, así mientras ella huye los soldados entran al castillo, Thunder Jet se adelanta y llega con Shuzen, así que lo reta y los dos pelean con sus espadas en medio de las llamas que han rodeado el castillo, Simón regresa solo para ver como Thunder Jet mata a su padre, ella llora e intenta apuñalar a Jet, pero es detenida por los dos amigos de Jet, Monk y Task, quienes la sujetan y posteriormente la llevan consigo a Goyo.
Danjou el Gobernante de Goyo festeja el haber conquistado la parte norte de la galaxia, entonces aparecen los Cuatro Grandes: Garer, Genyi, Forman y Rogina los generales mas fuertes de Goyo, le traen la cabeza de Shuzen y a la hija de este Simón, ella trata de atacar a Danjou pero este la sujeta y le dice que se quedara cautiva, así que será mejor que no lo haga mas difícil para ella. Thunder Jet entra al palacio de Danjou, para pedirle un bono para las familias de los soldados muertos, los soldados tratan de detenerlo, pero él los golpea a todos, solo hasta que Garer lo detiene golpeándolo, Rogina ve al muchacho y dice que solo es un niño y también lo golpea, están por matarlo hasta que Sheyla, la hija de Danjou los detiene por que piensa que el es muy atractivo y pide que lo lleven a su cuarto, voltea y ve a Simón así que ella descubre sus senos y dice que todavía es muy joven.
Mientras que en medio de la celebración una nave aparece y cientos de soldados comienzan a atacar, pero todos los soldados de Goyo están borrachos por la celebración solo Garer y Rogina combaten, Jet se despierta en el cuarto de Sheyla y escapa de ella para participar en la batalla, Danjou esta en la sala del rey, y del tragaluz de la sala aparece Musani del planeta Taí, ella es la líder de las Naciones Unidas del Sur, que son los 5 planetas de la parte Sur de la Galaxia que Danjou no ha podido conquistar. Ella trata de matar a Danjou pero Jet llega y le corta su arma, ella escapa cuando una nave tira una escalera de cuerdas por el tragaluz y todos los soldados huyen, Danjou les declara la guerra a los planetas del Sur.
Rogina pide a Danjou que la deje comandar las fuerzas ya que ella y Musani son mujeres, Danjou acepta.
Rogina llama a Thunder Jet y le dice por sus actos ella lo ascenderá de soldado a comandante de una flota espacial, el se niega por que estaría bajo el mando de una mujer, ella se enfurece y lo agarra a golpes, hasta que Jet termina por aceptar.
Monk y Task llegan a la Flota Armada 4077 y los soldados de ahí son muy rudos y los insultan, pero Monk no les hace caso y se lleva cargando a Task que ya se estaba metiendo en problemas. Thunder llega y los soldados piensan que él también es un soldado nuevo y lo insultan Jet no se deja y comienza una pela contra sus propios hombres, solo hasta que Movic el vise comandante llega, todos ellos se detienen y él les dice que ese chico era su nuevo comandante, los soldados se enfurecen diciendo que ellos no arriesgaran la vida por él, pero Movic les dice que no importa quien fuera el comandante si ellos son los que peleaban.
Movic lo lleva a la torre de mando del Esmeril la nave que comandara Jet, le presenta a su tripulación: Oken, Yogi, Litu, Teisen, Focu y Somin un viejo ingeniero que construyo el esmeril. Jet solo se la pasa diciendo tonterías, a todos ellos no les parece que él sea el nuevo comandante, Movic habla con Jet a solas y le dice que es solo un niño que mejor le entregue el mando a él, Jet se niega y Movic le dice que dejara que sea el comandante hasta que falle y que cuando eso pase, él mismo lo matara, Jet le dice lo mismo.
Las naves ya están en el espacio y tienen muchos enfrentamientos con los hombres de Musani, Jet comete varios errores, pero son provocados a propósito por Movic para quedarse con su puesto, aun así muchos de esos errores Jet los aprovechaba para atacar por sorpresa (parecía que ya lo habían destruido y derrepente de entre el humo de la explosión aparecía el Esmeril).
Jet logra conquistar varias fortalezas y matar a varios generales por lo que su tripulación decide aceptarlo como su comandante y le dicen que sus vidas están en sus manos.
Rey Roger gobernante del planeta Ren, le pide a Musani que lo deje acabar con Rogina por haber matado a su padre Rakan, ella accede a condición de que July su estratega lo acompañe y el ataca a Rogina, pero Jet embiste su nave contra la de Roger y entran a su nave para combatirlo. Jet y Roger se enfrentan y sus espadas se rompen, comprobando que son igual de fuertes, Task les dice que coloco bombas y todos escapan.
Poco después ambos bandos están muy dañados y Jet enfrenta al escuadrón de Musani con una sola nave logrando hacerle daño a la nave de Musani, el Gran Tei San y entrando a la misma para enfrentarla, Jet combate contra Hirju una mujer ninja, que es la guarda espaldas y segundo estratega de Musani, el se desase de ella fácilmente, pero es persistente y tiene que enfrentarla en varias ocasiones hasta que llega donde esta Musani, ella estaba protegiendo a su pequeño hermano Tommy, y le dispara a Jet varias veces dejándolo moribundo en medio de las llamas que consumen su nave, Monk y Task lo encuentran y se lo llevan. Después de esto Danjou y Musani se retiran para recuperarse, y Jet es llevado a un hospital.
Rogina se hace responsable de haberse retirado y según las leyes será ejecutada. Sheyla va a cuidar a Jet y se mete a su cama, es entonces que le dice que Rogina morirá y él se avienta por la ventana para caer encima de un caballo, pero cae en el vil suelo, pero rápido se levanta y monta al caballo, en el camino Jet se desmaya por su heridas, ya en el piso se despierta y ve una sombra, le pide que lo lleve con Danjou pero ella solo replica que lo matara como el mato a su padre, su vista se aclara y ve a Simón quien esta a punto de apuñalarlo...
Continua en La Estrategia de Thunder Jet, Historia II.
